花卉不仅是装饰家园的重要元素，还能用于提升村民好感度。紫色等级及以上的成花可以赠送给村民，不同村民对花卉的偏好各不相同。朱敬儒偏好苦瓜猪肉汤、虎皮肉等食物，但对花卉的喜好尚未明确标注；而关六菲则对黑龙晴、金龙鱼等观赏鱼表现出兴趣，可能对特定花卉也有偏好。玩家需通过互动或任务解锁村民的完整喜好列表，以针对性赠送花卉。
玩家需对已收集的成花进行育种，每次消耗一根育种笔，育种有概率变异出新品种。花卉生长分为种子、花苗、成花三个阶段，花苗阶段可通过浇水施肥缩短成熟时间。帮助其他玩家照料花苗时，有几率获得对方花苗的种子，这是扩充花卉种类的有效方式。紫色及以上品质的成花可用于制作香丸或赠送村民，但需注意只有收获成花后才能解锁图鉴。
花卉育种存在明确的配方机制，但结果受概率影响。例如绣球花有红、白、绿、紫、蓝、粉六种颜色，其中红白为基础色，绿色为普通合成种，紫、蓝、粉为稀有合成种。花菱草和百合花也有类似的合成规则，不同颜色需通过特定组合培育，且摆放顺序会影响结果。玩家需多次尝试以提高稀有花卉的获取概率，同时可通过杂货店或山遇商店购买截苗剪等工具辅助育种。
提升村民好感度时，需结合其饮食与花卉偏好。部分村民如王婆偏爱一串黄、鱼香肉丝等食物，但对花卉的喜好需进一步探索。建议优先赠送紫色品质花卉，因其兼具装饰与功能性，能吸引蝴蝶环绕，同时可用于制作提升萝卜人效率的香丸。玩家应定期查看续缘商店和山遇商店，限时兑换的花卉种子或工具有助于优化育种效率。
花卉系统的深度玩法还包括景观布置与香丸制作。摆放稀有花卉可提升家园美观度，而香丸能临时增强生产建筑效率，具体效果取决于所用花卉类型与香丸等级。玩家需平衡花卉的培育、赠送与实用功能，合理规划花圃空间与资源分配，以最大化游戏体验。
